Ma la conversazione tra Mme Giry e i direttori viene interrotta da un gran baccano proveniente dalla Hall: è stato infatti appena scoperto il corpo assassinato di Joseph Bouquet, un macchinista carismatico e rispettato che da tempo lavorava all'Opera. In un primo tempo sembrava che si trattasse di un suicidio, ma, con successive investigazioni, si approdò all'ipotesi dell'assassinio.
Poco tempo dopo Christine Daaé, una giovane cantante, interpreta in maniera eccellente il ruolo di Margarita nel Faust; le era capitato infatti di dover sostituire La Carlotta (cantante ormai affermata), che era malata. Allo spettacolo assistono anche il conte Philippe de Chagny e suo fratello, il visconte Raoul de Chagny. Quest'ultimo, amico di Christine fin dalla prima infanzia, al termine dello spettacolo si precipita verso il camerino di Christine, stregato dalla bravura della ragazza. Christine lo accoglie con fare scostante, e pare addirittura non riconoscerlo. Uscito dal camerino della cantante Raoul sente da dietro la porta la voce di un uomo parlare con lei. Appena Christine esce, Raoul entra nel camerino sperando di trovare la fonte di quella voce misteriosa. Con sua grande sorpresa, non trova nessuno. All'Opera si tiene una cerimonia di addio per i Signori Debienne e Poligny, i vecchi direttori del teatro.Ai nuovi direttori cominciano a pervenire diverse lettere, firmate dal Fantasma, in cui egli eleva lodi al talento di Christine Daaé ed esprime il desiderio di vederla presto ricoprire ruoli degni della sua bravura; richiede inoltre che il palco n°5 gli venga riservato ogni sera. I giovani direttori non credono nell'esistenza del Fantasma e, sospettando un scherzo, non si curano delle suddette richieste e vendono il palco n°5. Quella stessa sera, gli spettatori del palco n°5 sono costretti a lasciare il palco dopo breve perché disturbati da strani rumori; dicono di aver sentito un voce dire loro "questo palco è riservato". Mme Giry mette in guardia i direttori che senz'altro la voce apparteneva al Fantasma. Testardi ed irritati, i direttori licenziano l'anziana portinaia.
Al visconte Raoul perviene una lettera di Christine in cui ella gli confessa di non essersi mai dimenticata di lui, suo amico d'infanzia, e gli chiede di incontrarla a Perros, dove stava per recarsi in occasione dell'anniversario della morte di suo padre. Raoul raccoglie prontamente la richiesta. A Perros, Raoul confessa alla ragazza di averla sempre amata e le racconta poi di quella sera che aveva udito una voce maschile provenire dal camerino di lei: Christine pare sconvolta da tale rivelazione, corre a chiudersi a chiave nella sua camera. La sera si reincontrano e Christine spiega a Raoul che egli ha udito la voce dell'Angelo della Musica; Raoul non crede a questa storia , prova a spiegare a Christine che qualcuno la sta prendendo in giro, ma la ragazza scappa e scompare. Più tardi quella notte, dalla finestra della sua camera, Raoul vede Christine che abbandona l'abergo. La segue fino al cimitero di Perros dov' è seppellito il padre. La ragazza sta cantando sulle note di una musica magnifica proveniente da un invisibile violino. Quando Christine lascia il cimitero, Raoul viene colpito in testa da qualcosa di duro e cade privo di sensi.
I direttori Firmin Richard e Armand Moncharmin ispezionano attentamente ogni millimetro del palco n°5: non trovano nulla che suggerisca la presenza di alcun essere vivente nel palco e men che meno di un fantasma. Pensando che qualcuno si stia prendendo gioco di loro, decidono di assistere alla prossima rappresentazione del Faust proprio dal palco n°5.
Il sabato mattina, entrando nel loro ufficio, i direttori ricevono una lettera, firmata dal Fantasma dell'Opera, contenente alcune istruzioni: devono restituirgli il palco n°5, riassumere Mme Giry, la sua portinaia, e assegnare a Christine Daaé la parte di Margherita invece che alla Carlotta. Se non avessero esaudito le sue richieste sarebbe accaduto qualcosa di orrendo durante la rappresentazione del Faust. Malgrado le minacce i direttori decidono di ignorare il Fantasma e le sue assurdità. Quella sera i direttori assistono ai primi due atti del Faust dal palco n°5, sperando che il Fantasma non si presenti o, ancor meglio, non esista. Il ruolo di Margarita è interpretato da Carlotta. All'inizio del terzo atto la voce potente e cristallina di Carlotta si trasforma come per magia in un rauco gracchiare da ranocchio, sconvolgendo gli spettatori e ancor più i direttori, che ora, distintamente, si sentono sotto l'influenza del Fantasma,sentono la presenza di un terzo nel palco. Dopo l'ennesimo "croak" di Carlotta la sala è in tumulto, e, in mezzo alla confusione, si ode la voce del Fantasma pronunciare "stasera canta da far cadere il lampadario". In quell'istante il lampadario di 200000 chili si stacca dal soffitto e precipita sull'orchestra, schiacciando la malaugurata portinaia, che aveva da poco preso il posto di Mme Giry. Carlotta si ammala, Christine è sparita. In cerca della sua amata, Raoul si reca a casa di Mme Valerius, tutrice di Christine, e riceve da lei la notizia che Christine è andata dall' Angelo della Musica (come lo chiamava la ragazza). Il mattino seguente Raoul riceve un biglietto di Christine dove gli chiede di incontrarla a mezzanotte al ballo in maschera dell'Opera. Quella notte Christine conduce Raoul in un palco privato dove possano parlare, ma intanto tra la folla mascherata si aggira un personaggio inquietante "La Morte Rossa", che non è altri che il Fantasma dell'Opera travestito.Christine confida a Raoul il suo amore, ma al tempo stesso gli dice che non potrà mai più mostrarsi su di un palcoscenico e loro due non potranno mai più incontrarsi, detto questo se ne va. Raoul la cerca nel suo camerino, non la trova, e si nasconde dietro una tenda. Christine entra, si siede e scrive tre o quattro foglietti che nasconde nel corsetto, poi nell'atmosfera del camerino si leva un canto misterioso: Christine tende le braccia verso quella voce, "sono qui Erik" dice.

I due giovani programmano di fuggire insieme la sera successiva, al termine dello spettacolo e dopo l'ultimo incontro con Erik. Il giorno dopo Raoul prepara il necessario per la fuga, ma, nel bel mezzo dello spettacolo, le luci di scena vengono spente e, al loro riaccendersi, Christine è scomparsa. Raoul in preda alla disperazione, cerca Christine ovunque, ma è certo che la ragazza si trovi prigioniera del Fantasma. Ecco che Raoul fa un incontro singolare "il Persiano", un personaggio di mezz'età, saggio e misterioso, che mette in guardia Raoul dal rivelare il mistero di Erik. Intanto i direttori si sono chiusi nel loro ufficio per interrogare Mme Giry: erano stati costretti a pagare al Fantasma i 20000 franchi, ma erano ancora convinti che si trattasse di una presa in giro da parte di un mascalzone, complice di Mme Giry, che cercava di derubarli. Mettono allora il denaro nella tasca dei pantaloni di Richard e la chiudono con una spilla da balia, Se il Fantasma fosse riuscito a far scomparire i soldi dalla tasca avrebbero creduto nella sua esistenza. A mezzanotte Richard controlla la sua tasca:il denaro è scomparso , senza che la spilla da balia sia stata tolta! Raoul cerca di spiegare al commissario di polizia di come Christine sia stata rapita dal Fantasma, da Erik insomma, ma il commissario lo prende per pazzo: secondo lui è stato il fratello di Raoul, il conte di Chagny, a rapire Christine, perché contrario al matrimonio della cantante col fratello. Raoul incontra nuovamente il Persiano: anch'egli è convinto che il rapimento sia opera di Erik. Il Persiano pare conoscere molto bene i segreti di Erik. I due si armano di revolver e si recano nel camerino di Christine, dove il Persiano attiva il sistema di specchi che permette loro (così come aveva permesso a Christine) di penetrare nei sotterranei. Raggiungono la casa del Fantasma, sul lago sotterraneo, e cercano un' entrata. Attraverso un foro nel muro penetrano in una camera dalle pareti esagonali tappezzata di specchi, al centro c'è un albero di ferro cosicché, quando si accende la luce, gli alberi si moltiplicano, riflessi dagli specchi, dando l'illusione di una foresta: si tratta della camera dei supplizi. Il Persiano, che è in realtà un capo della polizia governativa di Persia, conosceva Erik da molto tempo, da quando questi era al servizio del sultano di Mazenderan, aveva già tentato di penetrare nella casa del Fantasma, ma era stato scoperto. Erik gli aveva sempre risparmiato la vita, perché in un'occasione, il Persiano aveva salvato la sua. Dall'altra parte del muro Erik sta ricattando Christine: la poverina deve scegliere se sposarlo, o morire con lui e far saltare in aria l'edificio dell'Opera. Erik la lascia sola, ma la lega, e intanto Raoul e il persiano rivelano a Christine la loro presenza. Erik si accorge tornando che Christine si sta agitando intorno alla porta della camera dei supplizi, e indovina che dentro debba esserci qualcuno:accende la luce , e subito la temperatura nella stanza cresce fino a diventare insopportabile. Raoul è sopraffatto dal calore e dal disagio psichico causato dalla camera, ma il Persiano, tastando le pareti, riesce a trovare una molla, che fa aprire una botola. Oltre la botola i due trovano ammucchiati dei barili di polvere da sparo, pronti a far saltare il teatro nel caso Christine rifiutasse il matrimonio. Christine sceglie di sposare Erik, le vite di Raoul e del Persinano vengono risparmiate. Tempo dopo il Persiano si risveglia nel suo appartamento, gli viene riferito dal suo servo che i suoi due giovani amici sono scomparsi e che il fratello di Raoul è stato trovato morto sulla riva del lago sotterraneo. Diverse sere dopo il persiano riceve la visita di Erik, questi gli spiega che i due giovani stanno bene, ha lasciato libera Christine perché potesse viver con l'uomo che ama davvero, ovvero Raoul. Per quel che lo riguarda, Erik sta per morire e desidera che l'annuncio della sua morte venga pubblicato su "Epoque". Tre settimane dopo sul giornale appare "Erik è morto". Nell'epilogo Leroux traccia un'apologia del suo personaggio. Erik non e più un mostro, ma un uomo, nato per essere malvagio, emarginato per forza di cose dal suo orribile sembiante; un uomo che ha sperimentato infiniti dolori, ha tentato di vendicarli attraverso il suo ingegno, costruendosi un mondo di trappole e nascondigli in cui lui godeva di assoluto potere: troppo tardi ha scoperto che il potere senza amore non può nulla.

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